09/01
公告訂定「化粧品中鋇之管理規定」，並自即日起生效。
09/05
本部舉辦家暴防治20年活動開跑記者會，邀請陳副總統建仁、中央及地方網絡單位、民間團體代表，共同向社會大眾呼籲暴力零容忍、向家庭暴力說不，並為家庭暴力20週年系列活動揭開序幕。
09/06
修正發布「特定醫療技術檢查檢驗醫療儀器施行或使用管理辦法」全文34條，除第 23～27 條自108年1月1日施行外，其餘修正條文自發布日施行。
09/07
本部社會及家庭署舉辦「最愛分享中秋好禮-107年度身心障礙福利機構及團體秋節產品聯合推廣展售記者會」，由陳副總統建仁、行政院林政務委員萬億、本部陳部長時中及社會及家庭署簡署長慧娟親臨，鼓勵社會大眾以實質行動支持身心障礙團體。
09/07
公告修正「適用罕見疾病防治及藥物法之藥物品項」，新增認定「Cerliponase alfa」（solution for infusion，30mg/ml）為「適用罕見疾病防治及藥物法之藥物品項」，適應症為「治療神經元蠟樣脂褐質儲積症第二型」，並自即日生效。
09/10
公告廢止「食品審查暨食品輸出衛生證明書等收費標準」、「行政院衛生署受理錠狀膠囊狀食品、特殊營養食品、低酸性罐頭食品、食品添加物、天然香料查驗登記審查費及證書費收費標準」。
09/12
公告「長期照顧服務機構法人命名原則」及「長期照顧服務機構社團法人登記證書」。
09/12-13
本部食品藥物管理署舉辦「APEC食品安全及不法藥物檢驗技術國際研討會(2018 APEC Workshop on Food Safety and Food Adulterated with Drugs)」，由本部陳部長時中親臨致詞，會中邀請馬來西亞、新加坡、泰國、越南、日本、美國及德國等7國之9位官方專家及學者，針對食品安全檢驗及不法藥物檢驗兩大議題進行專題演講及交流。
09/12
公告修正「農藥殘留容許量標準」第三條附表一。本次修正重點為增修訂安美速等10種農藥在43種作物類別之農藥殘留容許量。
09/19
修正發布「全民健康保險法施行細則」第四十六條，明定每月工資不固定之受僱者，其得以最近三個月平均工資申報投保金額，使投保金額計算更符合實際；另調整職業工會會員申報投保金額下限之規定。
09/19
發布修正「全民健康保險藥物給付項目及支付標準」，並自即日起生效。
09/20
公告「中藥優良製造確效作業基準」及實施期程，以提升中藥廠藥品品質管理系統，並符合國際市場之要求。自109年1月1日起分四階段實施。實施對象為生產濃縮製劑之中藥廠，生產傳統製劑中藥廠之實施日期另訂之。
09/20
公告修正「應訂定食品安全監測計畫與辦理檢驗之食品業者、最低檢驗週期及其他相關事項」，擴大要求指定規模食用油脂等33類食品業者即日起分階段訂定食品安全監測計畫及辦理強制檢驗，以強化食品業者自主管理責任。
09/20
本部疾病管制署舉辦「APEC對抗抗生素抗藥性威脅之策略性行動國際研討會」，與來自14個APEC會員體共31位代表及國內專家就「抗生素抗藥性監測」、「抗生素管理政策」及「抗生素抗藥性感控策略」議題進行經驗分享與交流。
09/25
修正發布「全民健康保險醫療品質資訊公開辦法」第二條附表一、附表二，增修多項公開之品質資訊項目，以提供民眾更豐富之就醫選擇資訊，並敦促保險醫事服務機構提升醫療品質。
09/26-28
本部食品藥物管理署辦理「2018 APEC Good Registration Management (GRM) Regulatory Science Center of Excellence Workshop」，本部陳部長時中蒞臨致詞，工作坊包括醫藥品優良審查及優良送審相關培訓課程，旨在推動優良查驗登記管理，並促進查驗登記規範與國際接軌。參與總人數約150人，共培訓15個APEC會員經濟體及2個歐盟成員國。
09/27
本部國民健康署舉辦「社區營養推廣中心、恁的營養阮來顧」記者會，陳副總統建仁、行政院卓秘書長榮泰、本部何政務次長啟功、本部國民健康署王署長英偉、社團法人中華民國營養師公會全國聯合會金常務理事惠民、縣市代表等蒞場參與啟動儀式，宣達全國「社區營養推廣中心」於各縣市啟動。
09/28
本部疾病管制署與財團法人國家衛生研究院合作舉辦「腸病毒71型大流行20週年國際研討會」，與美、日和新南向國家專家和防疫人員，分享我國自1998年腸病毒大流行疫情後之研發、醫療與防治成果。
