01/01
低收入戶家庭生活補助、低收入戶兒童生活補助、低收入戶就學生活補助自109年1月1日起依法參照108年消費者物價數較104年成長率調整給付金額，調幅3.97%。
01/02
發布修正「全民健康保險藥物給付項目及支付標準」第61條之2，並自109年1月2日生效。本次修正價量協議之計算標的，並增列未於期限內簽訂價量協議書者之支付點數調整原則及相關作業時程。
01/02
發布修正「全民健康保險醫療服務給付項目及支付標準」，並自109年1月1日生效。包括以108年度醫院部門預算調升急重難症及地區醫院相關項目、修正西醫基層開放表別項目之支付規範及更新Tw-DRG權重表等。
01/02
發布訂定「托嬰中心監視錄影設備設置及資訊管理利用辦法」，並自109年1月2日生效。
01/08
發布「戒菸教育實施辦法」修正條文，並自109年1月10日施行。
01/08
公告「109年度全民健康保險中醫門診總額醫療資源不足地區改善方案」。
01/08
台南市舉辦「健保有愛 擁抱偏鄉 國際扶輪 行善天下－守護「左鎮」巡迴醫療整合暨贈車儀式」，本部陳部長時中及李署長伯璋蒞臨指導，出席貴賓有台南市黃市長偉哲、立法院周陳委員秀霞、左鎮區區長、台南市西醫、牙醫及大台南中醫師公會、各總額審查南區分會主委、參與當地醫療巡迴服務院所、巡迴醫療車受贈醫院與台灣各地及韓國扶輪基金會社友代表，左鎮區居民及健保署同仁共約500人參與。
01/08
發布修正「直轄市、縣(市)政府辦理未滿二歲兒童托育準公共化服務與費用申報及支付作業要點」，並自109年1月1日生效。
01/10
發布修正「兒童及少年收出養資訊管理及使用辦法」部分條文。
01/13
本部就「居家失能個案家庭醫師照護方案」實施半年之執行情形進行檢討，會議重要結論為：提高特約率及派案率，以服務更多個案，並於109年度與健保署「居家醫療照護整合計畫」及「家庭醫師整合性照護計畫」研議整合。
01/13
發布修正「國民年金法施行細則」第25條，明定申請年金給付且辦理分期繳納保險費者，應俟完納應繳保險費後，始可一次補發辦理分期繳納前得領取之年金給付，並自109年2月1日施行。
01/13
國民年金6項年金給付，自109年1月1日起老年年金給付加計金額、老年基本保證年金、遺屬年金給付及原住民給付，由3,628元調整為3,772元，身心障礙年金給付基本保障及身心障礙基本保證年金，由4,872元調整為5,065元。
01/13
因應物價指數(CPI)調漲中低收入老人生活津貼、身心障礙者生活補助費、弱勢兒童及少年生活扶助金額，並自109年1月1日實施。
01/14
發布修正「國民年金保險身心障礙年金給付審定基準及請領辦法」，增訂視為無工作能力之情形，減輕請領人往來醫院接受工作能力評估之負擔。另明訂不符請領資格而停止發給者，得重新提出申請，以保障其權益。
01/15
為鼓勵更多機構至離島地區開業及明確納入長期照顧服務法規範之長期照顧服機構為獎勵對象，並放寬獎勵要件，行政院公告修正「離島開業醫事機構獎勵及輔導辦法」，名稱並修正為「離島開業醫事機構與長期照顧服務機構獎勵及輔導辦法」，並自109年1月15日施行。
01/15
公告109年1、2、3月份全民健康保險臺灣地區外自墊醫療費用核退上限。
01/15
公布制定「醫療器材管理法」全文85條，重點包括：促進產業技術研發及產品創新、完善醫療器材多元化科技產業管理、完善醫療器材業者管理制度、落實產品風險分級管理、為保護受試者權益，規範醫療器材臨床試驗之管理、強化上市後醫療器材安全監督管理，確保市售醫療器材之品質與安全等，為我國醫療器材產業邁入國際開啟嶄新的扉頁。
01/15-16
公告「嚴重特殊傳染性肺炎」為第五類法定傳染病，以強化疾病監測及防治；另指派傳染病防治醫療網莊指揮官銀清及防疫醫師洪敏南前往中國武漢，於1月16日召開返國說明會。
01/16
公告修訂「全民健康保險氣喘醫療給付改善方案」，並自109年1月1日生效。
01/18-02/02
因應春節之流感疫情防治，本部疾病管制署請地方政府衛生局督導轄區重點醫療機構於農曆春節前後一週之假日(含春節連續假期)，啟動假日類流感特別門診開設機制，妥適分流醫療機構急診類流感就診病患，確保春節期間急診流感防治量能無虞。
01/20
鑒於「嚴重特殊傳染性肺炎」疫情迅速升溫，行政院核准於成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」三級開設，第一次會議由行政院陳副院長其邁蒞會指導。
01/21
中央流行疫情指揮中心公布我國確診首例境外移入嚴重特殊傳染性肺炎病例。
01/21
修正「兒童及少年高風險家庭通報及協助辦法」，名稱並修正為「脆弱家庭之兒童及少年通報協助與資訊蒐集處理利用辦法」。
01/23
鑒於「嚴重特殊傳染性肺炎」疫情持續擴大，1月23日由行政院蘇院長貞昌宣布「中央流行疫情指揮中心」提升為二級開設，由本部陳部長時中擔任指揮官，並指示以嚴謹的態度及最高的準備，做到防疫滴水不漏。
01/28
中央流行疫情指揮中心公布確診我國第8例嚴重特殊傳染性肺炎病例，亦為國內第1例之本土家庭群聚病例。
01/29
行政院蘇院長貞昌視察中央流行疫情指揮中心，指示各部會全力支援防疫，戮力守護國內防疫安全，並慰勉同仁的辛勞。
01/30
發布修正「全民健康保險藥物給付項目及支付標準」第52條之4，並自109年1月30日生效。本次針對自付差額特材訂定相關費用之計算原則，如給付上限點數、該類特材之費用、院所收取差額之上限等，並列出排除項目。
01/31
世界衛生組織（WHO）宣布將新型冠狀病毒疫情提升為「國際公共衛生緊急事件」，中央流行疫情指揮中心持續統籌各部會，加強港埠檢疫措施，宣導使用口罩時機等，並由中央統籌控管，讓口罩等防疫物資發揮最大效用。
