SARS後建置 國家衛生指揮中心統籌防疫
疾管署疫情中心主任劉定萍表示，SARS防疫期間，資訊交換、人員調度與決策執行等平行、垂直整合都相當受限，為了讓這一切更加效率化，國家衛生指揮中心應運而生。她解釋道，國家衛生指揮中心依疫情及災變需求可設立三種中心，包括「中央流行疫情指揮中心」、「生物病原災害中央災害應變中心」及「反生物恐怖攻擊指揮中心」，做為特殊時期結合各部會、中央及地方的作戰指揮基地，國家衛生指揮中心是仿照美國衛生部指揮中心（Secretary's Operation Center，SOC）的概念，結合決策所需的軟硬體、空間及相關設施，加上規劃有彈性啟動人員進駐之行政支援機制，讓指揮中心保有平時監測疫情、輿情及進行風險評估；變時立即啟動的戰鬥力。劉定萍強調，國家衛生指揮中心的運作不敢說是全世界最好，但也是名列前茅，包括韓國、日本及東南亞多國都曾到臺灣考察，參考臺灣國家衛生指揮中心設置的經驗和制度。
國家衛生指揮中心「平時」由疾管署疫情中心負責管理，監測國內外疫情及輿情並評估風險，「變時」則由相關部會派員進駐支援，藉指揮體系扁平化，讓訊息流的下達、串接更有綜效。中央流行疫情指揮中心至今計開設九次，其他兩類中心尚未有開設紀錄，一般民眾只有在像是這次嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19，以下簡稱武漢肺炎）的疫病時，才會特別感受到國家衛生指揮中心的功能，事實上承平時期國家衛生指揮中心就在默默守護臺灣國人健康，該中心每日早上均召開疫情監控討論會，透過視訊與疾管署六區管制中心，討論國內外疫情及媒體輿情資訊，根據第一線疫調回饋訊息及流病分析結果檢討相關的現行政策以便做出專業判斷；每週一則召開例行的疫情防治週報，並與22縣市政府衛生局視訊連線，提供最近一週最重要的傳染病疫情研析，以利即時調整第一線防治措施。
