06/02
發布修正「基因改造食品諮議會設置辦法」第3、10條條文，本次修正係為廣納更多學者專家意見，並使依食品安全衛生管理法所設諮議會委員任期具一致性，爰將委員任期由3年修正為2年，，並自民國110年1月1日施行。
06/03
公布制定「公共衛生師法」全文 40 條，並自109年6月3日施行。
06/04
發布修正「食品風險評估諮議會設置辦法 」第4條、12條條文，本次修正係為廣納更多學者專家意見，並使依食品安全衛生管理法所設諮議會委員任期具一致性，爰將委員任期由3年修正為2年，自民國110年1月1日施行。
06/07
本部「COVID-19台灣防疫關鍵決策網」中英文版於6月7日起正式上線，內容包含「決策關鍵時間軸」、「成功防疫因素」、「台灣衛生醫療體系基礎」以及「重大政策」4大部分。
06/10
國內於109年6月7日後已擴大鬆綁生活防疫規範，為鼓勵民眾落實防疫新生活，中央流行疫情指揮中心特別邀請我國桌球好手江宏傑擔任防疫新生活宣傳大使，並出席指揮中心記者會，共同號召全民一起樂活防疫、健康生活。
06/12
修正發布「藥事法施行細則」第27、31條條文及「藥品查驗登記審查準則」部分條文，鬆綁中藥輸出專用標籤、仿單或包裝標示之限制，協助中藥製藥產業爭取外銷訂單。
06/13
本部中央健康保險署召開8類差額特材核定費用溝通討論會議，由陳部長時中主持蒐集各界意見，會議共識原訂109年8月1日實施的差額上限暫緩，先處理收費極端值、功能分類再討論及強化醫材資訊透明公開，於2個月後再召開會議討論。
06/15
立法院鍾委員佳濱及駐台北越南經濟文化辦事處阮代表英勇一行6人來部拜會本部陳部長時中，雙方就台越合作與開放航線等議題進行交流。
06/16
本部食品藥物管理署辦理「COVID-19防疫經驗分享」線上會議，由吳署長秀梅主持，邀請美國FDA、歐盟EMA及日本PMDA等藥物主管機關，就藥品供應鏈、酒精與個人防護設備供應及檢測試劑等議題進行討論。
06/16
公告修訂「全民健康保險醫院總額支付制度品質確保方案」表一及表三專業醫療服務品質指標。
06/16
行政院林政務委員萬億偕法務部張次長斗輝、本部蘇政務次長麗瓊及兒少福利與權益推動小組委員與兒少代表等17人訪視法務部矯正署矯正學校－明陽中學，瞭解學校運作現況、轉銜復學措施與資源。
06/17
中央流行疫情指揮中心自109年6月17日起優先開放嚴重特殊傳染性肺炎（簡稱COVID-19）疫情屬低風險的11個國家/地區之境外學生入境，以108學年度應屆畢業生為優先，安排入境學生於校外防疫旅館完成14天檢疫後再返校。
06/17
考量長期隔離治療對個案身心之影響及醫療資源使用之適當性，中央流行疫情指揮中心經參考國際作法及相關研究實證並諮詢專家後，將現行確診個案解除隔離條件，由連續3次呼吸道檢體檢驗陰性，調整為連續2次檢驗陰性即可解除隔離。
06/17
發布修正「食品中污染物質及毒素衛生標準」第6條，以及第3條附表1、第4條附表2、第5條附表3，增訂水產動物油脂於無機砷之補充規定、調整醬油製品之3-單氯丙二醇限量規定及燒烤水產品之苯（a）駢芘限量，另為使標準內容更臻明確，新增鎘於蔬果植物適用部位之說明、修正單氯丙二醇及氰酸之中文名稱為3-單氯丙二醇及氫氰酸，以及酌修附表2備註1和附表3備註17之文字。
06/17
公告修訂「全民健康保險牙醫門診總額支付制度品質確保方案」附表中專業醫療服務品質指標。
06/17
為確保我國防疫成果，配合符合防疫目的之前提下逐步開放邊境管制，發布修正「嚴重特殊傳染性肺炎隔離及檢疫期間防疫補償辦法」第2、9條條文，自109年6月17日起，非本國籍人士、大陸地區人民、香港或澳門居民，應領有居留證明文件，始為本辦法之適用對象。
06/18
公告「中藥濃縮製劑之指標成分定量法、規格及其他應遵循事項」，使中藥廠能明確選定濃縮製劑指標成分，並規範其規格上下限範圍及其他應遵循事項。
06/19
中央流行疫情指揮中心宣布醫院探視全面放寬，不限病房科別或住院天數，每位病人每日開放2名訪客可於醫院准許的2個時段探視，訪客及人員進入醫療院所須全程配戴口罩，醫院需落實訪客造冊及實聯制登記。
06/20
嘉義縣衛生局舉辦「嘉義縣口腔保健醫療專車暨視力巡迴車聯合捐贈儀式記者會」，本部中央健康保險署媒合扶輪社捐贈2輛醫療巡迴車予嘉義縣，陳部長時中蒞臨見證捐贈儀式，肯定各界對偏鄉醫療服務之努力。
06/20-21
配合「防疫新生活運動」政策，本部食品藥物管理署（以下簡稱食藥署）辦理109年度「風險管理及危機處理研討會議」，並以「疫情趨緩，重建食藥新生活」為主題，本部陳部長時中親臨活動現場，並由吳署長秀梅擔任會議主席，陳部長時中講授「防疫中的補給艦」，說明食藥署於防疫中擔任之重要角色。
06/22
賴副總統清德訪視臺東縣蘭嶼鄉衛生所關心蘭嶼醫療現況，本部由薛常務次長瑞元、護理及健康照護司顏專門委員忠漢與臺東縣政府及衛生局人員陪同與會，副總統除關心衛生所之門、急診醫療服務狀況外，亦就蘭嶼興建醫院議題指示縣政府及鄉公所尋覓適合土地，並責成本部及原民會提供協助。
06/22
本部與比利時佛拉蒙區健康、公衛及家庭部舉行視訊會議，由何政務次長啟功與健康、公衛及家庭署秘書長 Karine Moykens、健康照護署署長Dirk Dewolf主持，雙方就我國此次防疫之致勝關鍵，以及運用資訊科技於預防、追蹤COVID-19等經驗進行討論，比方肯定我國防疫成就。
06/22
中央流行疫情指揮中心完成規劃「短期商務人士入境申請縮短居家檢疫作業規範」，自109年6月22日起，符合條件之短期商務人士可申請縮短居家檢疫時間，對於其他非適用申請條件者，若有特殊商業需求或其他必要活動，可專案提出個案辦理。
06/22
發布修正「全民健康保險醫療服務給付項目及支付標準」，增列藥事人員產假期間合理調劑量計算方式、修正支付規範或名稱3項、增列不適用DRG之疾病組合2項、修正DRG分類表及109年下半年適用之權重表，並自109年7月1日生效。
06/23
發布修正「弱勢家庭兒童及少年緊急生活扶助計畫」第7點。
06/24
本部蘇政務次長麗瓊前往南區兒童之家新院區，關切工程施工情形，除聽取工程簡報及參觀院區工地現況，並致贈水果禮盒，慰問辛苦的工程團隊。
06/24
本部蘇政務次長麗瓊受邀出席社團法人高雄市慈善團體聯合會舉辦倉儲轉運中心起用暨迷你食物銀行開跑活動。
06/24
為及早因應第二波疫情的威脅，我國與美國、日本及澳洲在「全球合作暨訓練架構（GCTF）」合作模式下，舉辦「新型冠狀病毒：防範第二波疫情」線上工作坊，中央流行疫情指揮中心陳指揮官時中、外交部吳部長釗燮、美國在臺協會臺北辦事處酈處長英傑、日本臺灣交流協會臺北事務所泉代表裕泰、澳洲駐臺辦事處莫副代表蘇善均出席本次活動。
06/24
考量嚴重特殊傳染性肺炎（簡稱COVID-19）國際疫情趨勢，中央流行疫情指揮中心因應商務經貿交流及人道因素等需求，宣布自109年6月29日起，逐步開放外來人士入境，並要求應主動出示「表訂登機時間前3天內之COVID-19核酸檢驗陰性報告（英文版）」，並配合入境後居家檢疫14天及必要之檢疫措施。
06/25
中央流行疫情指揮中心考量鄰近的香港、新加坡等樞紐機場已陸續開放轉機，經與相關單位研議討論，決定自109年6月25日零時起桃園機場開放轉機，交通部提出「桃園機場因應武漢肺炎逐次開放轉（過）機旅客計畫」，在轉機旅客飲食及購物皆有專人全程分流監護與服務的規劃下，兼顧防疫安全及國際旅客來臺轉機的需求。
06/30
公告修訂「全民健康保險醫院總額品質保證保留款實施方案」。
