09/03
公告修正「藥事法第六條之一應建立追溯或追蹤系統之藥品類別」，將「醫療用笑氣(氧化亞氮)」納入追溯或追蹤應申報品項，，並自109年10月1日生效，以強化流向監測。
09/03
公告修正「藥事法第二十七條之二必要藥品清單」以使必要藥品清單更符合臨床使用情形，並自即日生效。
09/04
本部社會及家庭署舉辦「109年身心障礙福利機構及團體秋節產品聯合推廣記者會」，行政院林政務委員萬億、本部陳部長時中、李政務次長麗芬、祝司長健芳及簡署長慧娟親臨，現場並安排拍賣直播，邀請大眾購買身心障礙團體秋節產品。
09/08
本部舉辦「疫情關懷中心護理專業志工聯繫會」，陳部長時中親臨致詞及頒獎，活動現場分享護理人員投入COVID-19防疫志工經驗和心得，同時呼籲民眾持續配合社區防疫措施。
09/09
本部陳部長時中出席「2020台灣國際護理研討會」，並於會上分享「全民健康覆蓋：臺灣經驗(Universal Health Coverage: Taiwan Experience)」；蔡司長淑鳳亦出席開幕典禮並於9月11日分享「投資護理(Investment in Nursing」。
09/11
新任駐匈牙利大使劉世忠拜會本部陳部長時中，討論台匈防疫合作，由國際合作組陪同。
09/14
本部中央健康保險署舉辦「健保25週年，珍惜健保、全民珍寶」活動，行政院蘇院長貞昌、本部陳部長時中及李署長伯璋親臨現場與滿25歲民眾等近百人一同排出健保小綠人logo圖樣，期勉國人珍惜健保資源，並辦理健康存摺抽獎活動。
09/15
本部國民健康署舉辦「擁抱健康起點 健康促進幼兒園齊步走」啟動儀式，本部陳部長時中、王署長英偉及教育部國民及學前教育署彭署長富源共同出席，結合教育部及100家幼兒園投入幼兒園健康促進試辦計畫，介入視力保健、飲食營養、健康體能及事故傷害防制等議題，透過啟動儀式，表明守護兒童健康的決心。
09/15
本部石常務次長崇良及施技監養志陪同蔡總統英文接見社團法人國家生技醫療產業策進會會長及理監事，該會就後COVID-19世代的大健康產業發展策略，向總統陳報由各方生醫專家、企業領袖共商之「全球抗疫-台灣產業如何化危機為轉機」產業白皮書，會中總統讚揚醫療結合智慧科技遏阻疫情的卓越努力與成果，並就推進產業發展之關鍵問題表示將協調解決。
09/16
本部食品藥物管理署舉辦「2020亞太國際新興影響精神物質及不法藥物檢驗技術研討會」，邀請來自日本、菲律賓、韓國、荷蘭、法國、英國及我國之8位主管機關代表與學者專家，共同就現今各國NPS、偽劣藥物新興檢驗技術及管理機制進行交流，會議逾176位衛生局、民間認證實驗室及產學研界等相關單位人員出席共襄盛舉。
09/17
公告增修訂6項食品管理相關法規，說明要點如下：
一、修正「動物用藥殘留標準」，增訂萊克多巴胺(Ractopamine)於豬之殘留容許量。
二、修正「美國及加拿大牛肉及其產品之進口規定」，修正有關輸入應檢附證明文件之加註內容規定。
三、修正「進口牛肉檢疫及查驗作業程序」，修正有關牛齡之規定。
四、訂定「包裝食品之豬肉及豬可食部位原料之原產地標示規定」，規範包裝食品之豬肉及豬可食部位原料應標示原產地(國)。
五、 訂定「直接供應飲食場所供應食品之豬肉及豬可食部位原料之原產地標示規定」，規範直接供應飲食場所應標示其供應食品之豬肉及豬可食部位原料之原產地(國)。
六、修正「散裝食品標示規定」第五點，規範所有食品販賣業者販售以牛肉、牛可食部位、豬肉或豬可食部位為原料之散裝食品，應以其屠宰地(國)標示其原料之原產地(國)。
09/17
本部食品藥物管理署參加APEC第18屆生命科學創新論壇視訊會議之政策對話會議，會議由APEC各經濟體與產學界專家，就「展望APEC區域生命科學下個十年」、「利用數位科技實現創新未來」、「加速法規區域協和」等議題進行對話與創新政策之探討。
09/18
本部食品藥物管理署參加APEC第18屆生命科學創新論壇視訊會議之規劃小組會議，會議中除APEC行政單位報告2020年各項事務執行情況，並就多項針對COVID-19疫情發表之聲明進行採認，同時亦由各產官學單位分享各衛生領域(如疫苗研發、罕見疾病、肺結核等)之研究新知。
09/19
賴副總統清德與本部陳部長時中共同出席「第9屆南丁格爾獎頒獎典禮」，與會人員包括陳前副總統建仁、徐部長國勇、考試院許前院長水德及各護理界代表等多位貴賓。
09/20
本部國民健康署為因應氣候變遷所致健康衝擊，建立國人適用之健康氣象風險預警平臺，提醒民眾適時因應，與交通部中央氣象局及中央研究院組成「健康氣象e起來」團隊，榮獲2020總統盃黑客松前5名卓越團隊獎殊榮，由本部陳部長時中率團參與2020總統盃黑客松頒獎典禮。
09/21
公告修正「牙醫門診加強感染管制實施方案」。
09/23
APEC衛生與經濟高階視訊會議以視訊方式召開，本次主軸為「在COVID-19疫情中建立韌性的亞太地區」，共有9個經濟體部、次長層級與會，會中以COVID-19和衛生投資經濟要求、系統性方法能通往富有韌性能力的亞太地區、在衛生部門利用數位經濟與COVID-19作戰等議題進行討論。另陳部長時中錄製致詞影片並獲邀擔任數位科技議題之與談人，與各經濟體分享我國數位防疫成功之關鍵決策。
09/24
中央流行疫情指揮中心公布自9月24日起取消菲律賓入境「無症狀」旅客機場採檢，自該國入境旅客均須於集中檢疫場所完成檢疫，於檢疫期滿前進行採檢。
09/24
中央流行疫情指揮中心考量國內疫情防控能量，兼顧人道人倫需求，自9月24日起，國人的團聚陸籍配偶，可以向內政部移民署申請入境；外國人隨行團聚的陸籍配偶及未成年子女亦同。入境人員需依規定完成14天居家檢疫。
09/24-26
本部受邀共同主辦「2020台灣創新技術博覽會」，於9月24日進行開幕典禮及未來科技館跨部會高峰會，本部由薛政務次長瑞元出席與會，與科技部、經濟部、教育部、中央研究院共同討論「健保資源整合，建構個人化醫療大數據」議題；並於9月26日進行未來科技館頒獎典禮，本部提報6項財團法人國家衛生研究院執行之計畫成果，經評選獲得「未來科技獎」，另，國衛院「高齡整體照顧模式智慧化雲端平台系統」技術，同時獲頒大會「最佳人氣獎」。
09/26
本部舉辦「2020國際中藥品質管制研討會」，邀請美國、歐盟、日本及韓國藥典編修專家及5位國內專家，以視訊方式，就各國中藥品質管理、藥典編修、檢驗技術及未來趨勢進行交流，促進臺灣與國際接軌。
09/27
中央流行疫情指揮中心以「民主防疫 感謝有你」為題，舉行「武漢肺炎防疫紀錄片首映暨防疫獎章授獎典禮」，由蔡總統英文親自頒發「防疫獎章」予全國44位對防治COVID-19工作卓有貢獻的個人與團體代表，對於防疫英雄在各單位的付出，致上最真誠的感謝與敬意。
09/28
為提升原鄉地區醫療照護服務品質，增強臺東縣南迴段緊急醫療救護服務，本部及花東地區永續發展基金補助臺東縣政府興建「大武鄉衛生所暨南迴線緊急醫療照護中心」，並由臺東縣饒縣長慶鈴、本部石常務次長崇良、相關立委與民意代表等共同參與啟用典禮。
09/28-29
本部辦理現任及下一屆中央兒少代表計113人培力活動，說明兒少參與跨部會會議概況及當前重要議題，李政務次長麗芬親臨活動並勉勵兒少代表參與公共事務之熱忱，期許其繼續關注弱勢處境兒少的困境，為守護彼此的權利發聲。
