9/1
發布修正「公益勸募許可辦法」，並自發布日施行。
9/1
發布修正「藥害救濟給付標準」第3條、第4條、第5條之1。
9/1
公告訂定「小包裝食品免一部標示規定」，並自即日生效。
9/2
指揮中心感謝台積電、鴻海永齡、慈濟三間企業和民間團體共同捐贈1,500萬劑BNT疫苗，首批93萬劑疫苗於9月2日上午抵臺。此批疫苗將優先開放給12歲至17歲(含)青少年族群造冊接種；其餘將優先提供已意願登記，且尚未接種過疫苗之18至22歲(含)民眾。
9/3
為加強COVID-19防疫作為，指揮中心與國防部、內政部研議，役男入營前均已實施旅遊及接觸史調查、額溫量測及自我健康關懷聲明卡檢核等防疫措施；並自9月6日起，實施入營役男應於入營前3日(即9月3日)免費快篩，以保障入營服役群體安全。
9/3
因應Delta變異株廣泛於國際間擴散，且發生國籍航空機師及家人群聚事件，指揮中心宣布提前自9月3日起全面實施「強化機組員返臺後防檢疫規定」，針對長程航班(入境旅遊疫情第三級地區)，以及短程航班(當班往返且未入境第三地)之機組員，各依是否已完整接種疫苗訂定不同之檢疫天數及採檢規定，並強調，落實外站「零接觸」管理、機上「全程防護」為保障機組員於國外執勤時健康安全之關鍵機制。
9/4
指揮中心利用類細胞簡訊，針對8月13日至9月2日期間，與國籍航空機師及家人群聚事件之確診者接觸或活動軌跡重疊民眾，發送出計110萬通疫情警示簡訊，提醒如於8月13日之後曾有COVID-19疑似症狀，請就醫評估或可至社區篩檢站採檢。
9/5
波蘭政府捐贈我國40萬劑AstraZeneca(AZ)疫苗抵臺。指揮中心感謝波蘭政府與民眾，值此全球疫苗供不應求時刻，提供這批COVID-19疫苗，給予國內疫情防治極大幫助。
9/5
指揮中心表示，我國透過COVAX機制採購476萬劑COVID-19疫苗中，獲配之第三批AstraZeneca(AZ)疫苗41.04萬劑抵臺，目前計有102萬劑AZ疫苗到貨。
9/6
本部李政務次長麗芬於110年9至10月率各司署，召開北、中、南及東區強化社會安全網第二期計畫公私協力服務方案說明會，邀請地方政府及民間團體共同參與，作為後續方案規劃及執行之參考。
9/7
本部石常務次長崇良出席「護理人員法學術研討會」，該研討會目的為增加護理人員法學識能與公共事務參與，並就護理人員法第24條護理人員業務範圍及專科護理師於醫師監督下執行醫療業務之實務與建議進行討論。
9/7
日本政府提供第四批6.4萬劑AstraZeneca(AZ)疫苗抵臺，含本批疫苗，日方至9月7日止計已提供我國共340.4萬劑。
9/7
公告修正「化粧品微生物容許量基準表」，並自111年1月1日生效。
9/8
行政院林政務委員萬億自9月8日起率同本部、法務部、內政部、教育部、勞動部及原住民族委員會等部會，至各地方政府進行強化社會安全網第二期計畫說明，俾利中央與地方政府攜手合作，綿密社會安全網絡。
9/8
發布訂定「斷層掃描用正子放射同位素優良調劑作業準則」。
9/8
為降低城鄉差距並回應民眾不同照顧需求，提升原鄉離島地區長照資源布建拓展之彈性，本部推動「山地原民離島地區多元照顧服務模式試辦計畫」，各直轄市、縣(市)政府至110年11月30日前均可向本部申請。
9/13
公告臺灣中藥典第四版，自111年6月1日起實施。
9/14
發布修正「藥品查驗登記審查準則」，共涉及33條條文與14個附件。
9/15
公告修訂「全民健康保險乳癌醫療給付改善方案」，自110年7月1日起生效。
9/15
公告修訂「全民健康保險中醫門診總額支付制度品質確保方案」附表中專業醫療服務品質指標。
9/16
蔡總統英文接見110年「臺灣護理典範獎」得主鍾副教授信心及中華民國護理師護士公會全國聯合會、臺灣護理學會團體代表共計11人，並親自頒發「臺灣護理典範獎」獎狀及獎章予鍾信心教授，感謝鍾教授對護理界的貢獻。當日總統府李秘書長大維與會，本部由石常務次長崇良及蔡司長淑鳳代表出席。
9/17
舉辦「響應世界衛生組織病人安全日-把握關鍵，產除風險」記者會，本部由石常務次長崇良代表出席，協同40家醫療機構及相關學協會等共同宣誓世界衛生組織之孕產兒安全重點主題，冀望提高各界對孕產兒安全之重視，確保安全的孕產婦與新生兒醫療照護環境。
9/23
公告修訂「全民健康保險醫院總額支付制度品質確保方案」表一及表三。
9/24
公告修訂「全民健康保險思覺失調醫療給付改善方案」，自110年9月1日起生效。
9/24
公告修訂「全民健康保險牙醫門診總額支付制度品質確保方案」附表中專業醫療服務品質指標。
9/23-24
辦理「成人藥癮者家庭支持服務～用愛融合、追尋未來～」國際研討會，本部陳部長時中出席開幕致詞，該研討會因應疫情全程採視訊方式進行，邀集6國19篇報告發表，近千人熱烈參與。
9/25
日本政府提供第五批50萬劑AstraZeneca(AZ)疫苗抵臺。日本陸續提供我國AstraZeneca(AZ)疫苗累計至今共390.4萬劑，有助我國提升疫苗覆蓋率，指揮中心再次向日本政府及人民至上誠摯謝意。
9/26
為感謝我國去年捐贈70萬片口罩之情誼，斯洛伐克政府提供16萬劑AZ疫苗於9月26日抵臺。指揮中心謹向斯洛伐克政府與人民致上誠摯謝意。
9/27
公告修訂「全民健康保險中醫門診總額支付制度品質確保方案」。
9/27-10/3
本部陳部長時中出席2021年公共衛生聯合年會暨學術研討會10月2日舉辦之開幕式。該年會由臺灣公共衛生學會等相關學會共同舉辦，以「大疫情時代下全球公共衛生的衝擊與挑戰」為研討主題，本部國民健康署參與該年會論文發表計15篇，並辦理「運用數位科技縮小健康不平等」與「國民營養健康調查」兩項專題討論。
9/28
發布修正「藥品查驗登記審查準則」第75條、第81條、第92條、第92-1條、第104-1條及第109-1條條文。
9/28
公告修正「食品業者投保產品責任保險」，並自即日生效。
