6/2
為確保COVID-19急重症病人轉診順暢，本部建置重症轉診及醫學中心備援機制，包含啟動49間集檢所後送醫院綠色通道、24小時線上協助急重症轉診及24小時急診視訊諮詢平台，即時服務民眾就醫需求。
6/2
為保障國人健康，使國民即早獲得群體免疫保護力，中央流行疫情指揮中心(簡稱指揮中心)推動COVID-19疫苗大規模接種作業，並辦理擴增COVID-19疫苗接種合約醫療院所、訂定「COVID-19疫苗接種站設置作業指引」，以及建立「疫苗接種預約平台」等相關整備作業。
6/4
日本政府提供124萬劑AstraZeneca COVID-19疫苗抵臺。指揮中心感謝日本政府與人民值此疫情艱難，且全球疫苗產能供不應求之際，即時提供這批疫苗，給予臺灣國內疫情防治極大幫助。
6/4
因應苗栗縣某電子公司廠房發生COVID-19群聚感染事件，指揮中心即刻設立前進指揮所，由防疫醫師介入指導緊急防疫措施及疫調；盤點移工名單進行人員分流；廠區及宿舍增設篩檢點；移工(宿舍內部人員)降載與分流，禁止住宿移工外出；並請地方政府落實大量篩檢之檢體分流作業。
6/4
本部因應COVID-19新一波疫情升溫，主動加發給經濟弱勢兒少、老人、身心障礙民眾3個月（5月至7月每月1,500元）生活補助計4,500元，採一次性發給，已於6月4日發給80萬7,201人計36億3,240萬5,000元。
6/5
指揮中心宣布自6月5日起，請雇主及仲介公司配合於疫情第三級警戒期間，暫緩移工非必要轉換至新雇主之作業；暫緩同一雇主不同廠區間的派工調派；確實依勞動部發布之「嚴重特殊傳染性肺炎雇主聘僱移工指引」辦理防疫作業。
6/7
因應國內COVID-19疫情急速升溫，1922防疫專線爆量，為適時回應民眾問題，本部成立1922關懷中心，並招募20位專責人員就1922後送待解決困難個案主動Call Out追蹤。
6/9
指揮中心公布調整公費COVID-19疫苗接種優先順序。依衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組(ACIP)專家會議結論，將「維持機構及社福照護系統運作」列於第5類；「75歲以上長者」列於第6類對象，並將「經各主管機關認定之關鍵設施工作人員」、「運輸及倉儲業者」、「高中職以下學校教職員工與校內工作人員」及「幼兒園托育人員及托育機構專業人員」列入第7類「維持國家安全及社會機能正常運作」對象。
6/9
發布修正「育有未滿二歲兒童育兒津貼申領作業要點」，並自110年8月1日生效。
6/9
發布修正及增訂「長期照顧服務法」部分條文共計17條，主要重點包含長照特約及給支付制度法制化、落實使用者付費原則、設有長照相關科系私立高級中等以上學校得設立住宿式長照機構及明定未立案長照機構違法樣態及罰則等；並通過附帶決議計5案。
6/9
發布修正「醫療法人財務報告編製準則」及公告修正「醫療法人財務報告之報表編制格式」，以使醫療法人財務報告之編製符合現行相關法令規定。
6/10
指揮中心感謝我國6家企業及民間單位共同捐贈日本日立公司生產之「負壓隔離艙」80座，公私協力共同防疫，紓緩急救責任醫院負壓隔離病房不足情形。
6/10
為儘速發掘社區內可能潛藏病例，有效斷絕隱形傳播鏈，指揮中心公布「社區廣篩4大策略」，包括廣設社區篩檢站、協助企業自主快篩、導入診所自費快篩，及鼓勵廠商引進在家快篩。
6/10
健康無害組織(HCWH)辦理全球健康照護機構減碳規劃藍圖線上研討會，邀請菲律賓、臺灣、馬來西亞及新加坡等東南亞國家參與，並分享其所發展之健康照護機構減碳規劃藍圖，鼓勵東南亞國家推動綠色醫院及達成淨零排放目標，本部國民健康署魏副署長璽倫亦代表回應藍圖內容，分享我國目前作法及本部未來立場。
6/11
鑑於國內COVID-19疫情仍未穩定，為避免增加我國檢疫量能及醫療資源的負擔，指揮中心表示於全國疫情警戒第三級期間，持續執行「邊境嚴管」措施，包括暫緩未持有我國有效居留證之非本國籍人士入境，以及暫停旅客來臺轉機。
6/12
為使疫苗資源有效運用並加速接種作業，自6月12日起開放首批莫德納疫苗供所有第一類對象包含醫院、診所及其他醫事機構等執業登記醫事人員、非醫事工作人員，以及集中檢疫所非醫事人員接種。
6/12
為確保國籍航空機組員職場健康及維護國內防疫安全，6月12日起調整國籍航空公司機組員返臺檢疫措施：
1.重點高風險國家航線航班返台機組員，居家檢疫14天(期滿PCR檢驗)。
2.長程航班機組員，未接種疫苗或接種1劑疫苗未達兩週者，採5天居家檢疫(期滿PCR檢驗)+9天加強版自
主健康管理(第9、14天抗原快篩)；已接種2劑疫苗達兩週且抗體檢測陽性者，採7天自主健康管理(期滿
PCR檢驗)。
3.短程航班機組員，未接種疫苗或接種1劑疫苗未達兩週者，採14天自主健康管理+每14天PCR監測；已
接種2劑疫苗達兩週且抗體檢測陽性者，自我健康監測+每14天PCR監測。"
6/12
國際東洋醫學會(ISOM)召開理監事會議，本部由中醫藥司黃司長怡超出席，討論韓國籌辦第20屆國際東洋醫學學術大會相關事宜。
6/15
COVID-19防疫期間，為減輕父母或監護人需在家照顧孩童之家庭經濟負擔，本部自6月15日起發放「孩童家庭防疫補貼｣，每名孩童1次性補貼1萬元，發放對象為育有未滿2歲孩童的家庭。
6/15
日本提供我方之AstraZeneca COVID-19疫苗，自6月12日起分階段配撥，並依ACIP專家決議之優先接種順序，自15日開放「第1類至第3類尚未接種第1劑疫苗者」、「住宿式長照機構工作人員及住民」、「洗腎患者」及「75歲以上長者」接種。
6/17
發布修正「身心障礙者醫療復健費用及醫療輔具補助辦法」，本次修正重點為「附表醫療復健費用及醫療輔具補助標準」，修訂補助項目、補助金額及補助條件。。
6/18
發布修正「全民健康保險醫療服務給付項目及支付標準」部分診療項目，並自110年7月1日生效。
6/19
有關COVID-19家用快篩試劑，已可由醫療器材販賣業者、藥粧店、醫療器材行、便利商店等或藥局販售。為利民眾居家正確自行檢測，指揮中心公布「民眾使用COVID-19家用快篩試劑指引」，並提醒民眾使用家用快篩試劑相關流程與注意事項。
6/20
美國政府捐贈250萬劑Moderna COVID-19疫苗抵臺。指揮中心表示感謝美國政府與人民即時的援贈，同時重申臺美雙方將在109年簽署之合作瞭解備忘錄下，持續深化臺美醫衛、科學創新合作，共同對抗COVID-19疫情之威脅。
6/21
因應本土COVID-19疫情嚴峻，為利醫療院所照護確診之重症個案、降低死亡率，指揮中心成立「COVID-19重症個案臨床處置專家諮詢小組」，定期召開線上重症病例諮詢會議，提供各醫療院所臨床重症個案處置意見。
6/21
指揮中心公布擴大至第10類之COVID-19疫苗公費優先接種對象並更新接種順序：孕婦與75歲以上長者同列第6類對象；65歲到74歲長者納入第8類；19至64歲具有易導致嚴重疾病高風險疾病者、罕見疾病及重大傷病為第9類；50至64歲成人為第10類。
6/22
因應印度Delta病毒變異株蔓延全球，指揮中心宣布居家檢疫及居家隔離者，無論有無症狀，均須於期滿前進行公費PCR檢測，以維護國內社區安全。
6/23
指揮中心公布及更新COVID-19疫苗公費優先接種順序，包括將「第一線處理大體之工作人員」列入第2類、「矯正機關(構)工作人員」列入第5類；另公告第7類「國家關鍵基礎設施及高風險接種人員等專案對象」。
6/23
指揮中心表示，於4月12日至5月9日期間，曾以公費或自費接種第1劑AstraZeneca COVID-19疫苗的民眾，自6月23日起可預約以公費完成第2劑AstraZeneca COVID-19疫苗的接種，以提升免疫保護力。
6/23
因應臺北農產運銷公司等發生COVID-19群聚感染事件，指揮中心啟動「市場專案」強化相關防疫作為，並以社區儘速清零為目標。措施包括全面篩檢、雙北批發市場從業人員需持檢驗陰性證明始得進場，該類人員逐步施打疫苗、篩檢站應設置鄰近市場並配合營業時間等。另指揮中心將協助地方落實疫調、找出熱區；於市場工作之確診者將由居住地縣市疫調及匡列接觸者，職場接觸者匡列則由職場所在縣市進行。
6/23
考量社區感染風險尚未消除，指揮中心公告全國維持疫情三級警戒至7月12日止，並提出確診個案精準疫調、居家隔離/檢疫者期滿前公費PCR檢測、加速高風險族群疫苗接種、推動社區/企業/居家廣篩、強化重症醫療照護、啟動「民生供需產業健康監測專案」等6項需加強落實之管制措施。
6/27
因應印度Delta變異株於全球擴散且其傳播力高，指揮中心宣布自6月27日起，由「重點高風險國家(巴西、印度、英國、祕魯、以色列、印尼及孟加拉)」入境旅客，一律乘交通部安排之防疫車輛前往集中檢疫所檢疫，且須配合入住時、檢疫期滿進行PCR檢測；國籍航空公司機組員，自「重點高風險國家」航線航班返臺後，應入住防疫旅宿或符合規定之公司宿舍，且檢疫期滿進行PCR檢測；自前述7國以外入境之旅客，應自費入住防疫旅宿或集中檢疫所且於居家檢疫期滿前配合進行PCR檢測。
6/30
指揮中心與行政院農業委員會共同訂定「批發市場防疫管理措施建議指引」協助批發市場遵循辦理，以確保是類場域工作人員、採購民眾自身與家人健康。
6/30
本部110年因應疫情擴大急難紓困實施計畫，對原有工作受疫情影響致生計受困，未加入軍、公、教、勞、農保，未領有其他政府紓困補助，家戶月平均收入未逾當地每人每月最低生活費2倍者發給紓困金1-3萬元。為便民，109年申請案免再申請，由政府主動查調資料；110年新申請案自6月7日至30日受理申請，已受理999,326件，已撥款4次發給546,833人、93億9,023萬元。
6/30
公告修正「濫用藥物尿液檢驗及醫療機構認證管理辦法」、「濫用藥物尿液檢驗作業準則」及「政府機關濫用藥物尿液檢驗實驗室設置標準」，並於110年7月1日施行。
