雖然血清免疫學檢驗的實施能有效降低血液中帶有傳染病原的風險，然而，此種檢測方法的「檢驗空窗期」較長，檢驗空窗期是指病毒自進入人體到可被檢測出來的這段期間，愛滋病毒血清免疫學檢驗的空窗期約為20天、C型肝炎病毒約為60天、B型肝炎病毒約為40天。由於檢驗技術的限制，過去在1988-2012年間曾發生21例經輸血感染愛滋病毒的案例，這是由於遭受愛滋病毒感染的捐血者，在愛滋抗體篩檢的空窗期捐血，而未能被檢出，導致輸血感染的憾事發生。
導入病毒核酸檢驗 輸血安全大幅提升
歐美先進國家自1999年開始，即陸續對捐血者實施病毒核酸檢驗。核酸檢驗是當前科技最靈敏的一種檢測方法，比起檢測病毒的抗原或抗體，核酸檢驗如同其名，是直接針對病毒的核酸，能夠更早期察知遭受病毒的感染，大幅縮短檢驗空窗期、提升輸血安全。此外，病毒核酸檢驗也能檢測到潛隱性B型肝炎感染，這些潛隱性B型肝炎感染者的血液中檢測不到B型肝炎病毒表面抗原，但可能檢測到B型肝炎病毒的核酸，因此傳統的血清學檢驗無法找出這些感染者，得靠病毒核酸檢驗才能進一步降低傳播風險。
經過多年的努力，臺灣自2013年1月15日起對所有捐贈血液增加愛滋病毒、C型肝炎病毒及B型肝炎病毒的核酸檢驗，並著手回收醫院血庫中未經核酸檢驗的庫存血品，自2013年2月1日起，我國臨床輸用的血品均已通過病毒核酸檢驗合格。病毒核酸檢驗能夠彌補血清免疫學檢驗的不足，將愛滋病毒及C型肝炎病毒的檢驗空窗期降至約10天，B型肝炎病毒則降至約30天。為能與時俱進，又於2022年導入了新一代的核酸檢驗試劑與儀器，與歐美日等先進國家採用的試劑與機型一致。
在血清免疫學檢驗與核酸檢驗的雙重把關下，任一檢驗呈陽性反應，該捐贈血液便不供做臨床輸血用途，以阻絕輸血傳播感染之風險。如今，我國捐血者病毒核酸檢驗已實施超過十年，雖然檢驗的成本大幅增加，但至今未再發生輸血感染愛滋病毒的案例，也沒有因輸血感染C型肝炎或B型肝炎病毒的案例出現，是臺灣輸血安全的重要里程碑。
檢驗技術有極限 提供人道援助
因早期檢驗技術的限制，有患者因輸血感染愛滋病毒，對感染者及其家庭造成身心痛苦與生活困難。為了幫助這些受血者，台灣血液基金會於1994年在衛生署核定下推動輸血感染愛滋病毒道義救濟措施，以提供這些受血者即時的援助，其經費來自每袋血液及血液成分加收0.5%的工本材料費。而過往救濟的案例皆發生在2012年以前，自2013年全面實施捐血者核酸檢驗後，臺灣未再出現因輸血感染愛滋病毒的案例，道義救濟也因此無新增個案。
