9/1
新增「第十三因子測定」及「多發性硬化症∕視神經脊髓炎EDSS量表評估」、擴大「雙能量X光骨質密度檢查」適用對象、「乳癌術後低分次照射合併局部加強照射放射治療」適用範圍及鼓勵醫療院所使用電子轉診平臺及分級醫療轉診，調升下轉及接受下轉轉診費、調降上轉轉診費等29項診療項目，並自114年9月1日生效。
9/2-3
本部中央健康保險署舉辦「APEC建構以人為中心的整合式健康照護工作坊」，由林政務次長靜儀擔任開場致詞貴賓，邀請來自澳洲等8個APEC經濟體之衛生部官員與學者來臺，分享以人為中心之整合式健康照護的最佳治理經驗，及安排與會代表參訪。
9/4
總統府召開「健康台灣推動委員會」第五次會議，由賴總統清德擔任召集人，本部石部長崇良擔任執行秘書，邀請委員會委員及顧問就「智慧醫療結合健康照護」及「推動臺灣生醫產業創新發展」議題進行討論，共商打造健康台灣之策略。
9/8
本部疾病管制署羅代理署長一鈞南下高雄市視察中央部會權管場域登革熱防治工作暨拜會市長陳其邁，展現中央地方齊心防治，降低疫情擴散風險。
9/12
公告修正「民俗調理業管理規範」，自114年10月1日生效。
9/14-18
本部石部長崇良率領心理健康司、疾病管制署、中央健康保險署與國際合作組等單位赴韓國首爾出席APEC 2025年衛生與經濟高階會議，並針對醫療AI、健康老化、青少年心理健康等各界關注議題分享「臺灣經驗」，同時和其他經濟體會談、交流國際衛生合作議題。
9/17
本部國民健康署自113年起舉辦「銀領新食尚 銀養創新料理競賽」，以質地調整飲食為主題，激發符合長者需求的飲食創意。為表彰參賽隊伍及評審的努力，舉行頒獎典禮，莊常務次長人祥蒞會致詞，並邀請各界代表出席。
9/17
訂定「全民健康保險自付差額之特殊材料品項類別」（第12項次「特殊功能及材質脊椎間體護架」（CAGE）類別，定自114年11月1日實施），並公告廢止原公告11項，自即日生效。
9/22
本部資訊處與泰國瑪希敦大學簽署MOU，啟動跨國AI醫療模型驗證合作，加速智慧醫療商品化。簽約儀式由資訊處李處長建璋與瑪希敦大學Piyamitr Sritara校長共同主持，雙方多位高階代表與4家驗證中心關鍵推動者出席見證，展現深化國際合作的決心。
9/23
依「全民健康保險藥物給付項目及支付標準」規定，對照114年1月與113年1月藥物給付品項、支付標準及給付規定暫予收載結果，修正附件2至附件7、配合「全民健康保險藥品價格調整作業辦法」修正援引條文，另酌修文字。
9/20
本部社會及家庭署舉辦「2025年臺德高齡政策國際論壇」，由呂政務次長建德、國立臺灣大學林名譽教授萬億以及德國高齡政策專家學者安得列亞斯．克魯瑟教授、約翰尼斯．歐以利希教授進行專題分享，探討高齡政策新方向。
