6/1
指揮中心宣布自6月1日至30日，家長可憑0-6歲孩童之健保卡，至各快篩實名制販售據點，憑卡免費領取5劑家用抗原快篩試劑；另為使兒童及早獲得免疫保護力，並協助地方政府設置5-11歲兒童疫苗大型接種站。
6/1
因應國際及國內疫情變化，我國際機場即起暫停「落地採驗」，旅客抵臺時全數回歸配合於機場進行「唾液採檢」。
6/6
斯洛伐克國會副議長暨布拉提斯拉瓦省訪團拜會本部石常務次長崇良，就我參與WHO及防疫成果等議題進行討論。
6/7
訂定公布「因應社區發生COVID-19廣泛流行期間產後護理之家出現確定病例之應變處置建議」。
6/7
公告修正「連鎖飲料便利商店及速食業之現場調製飲料標示規定」，擴大應標示總咖啡因含量之產品範圍，並自112年1月1日施行，以加強揭露市面上現場調製飲料之標示訊息。
6/9
發布修正「居家式服務人員配合政府執行嚴重特殊傳染性肺炎防治工作到宅協助身心障礙者著有績效者發給獎勵要點」及其申請作業須知，擴大核發對象含提供「確診個案居家照護」照顧服務者，自公告日生效。
6/9
公告修訂「全民健康保險中醫門診總額支付制度品質確保方案」附表。
6/10
本部傳染病防治諮詢會預防接種組(ACIP)建議兒童第2劑COVID-19疫苗接種間隔為4-8週以上；另醫事人員可評估自身染疫風險與意願後，在第1次追加劑間隔5個月後接種第2次追加劑。
6/13
考量家用抗原快篩試劑貨源充足，實名制購買即起取消單雙號的限制，不需依身分證字號尾數單雙號進行分流。
6/15
公告修訂「全民健康保險西醫基層總額支付制度品質確保方案」附表一及附表二。
6/15
指揮中心表示將逐步開放邊境、檢疫措施自15日起由原本的7天居家檢疫及7天自主健康管理，縮短為3天居家檢疫及4天自主防疫；至入境人數總量管制於初期則先以每週2.5萬人次為原則。
6/17
公告勘誤「醫院以病人為中心門診整合照護計畫」。
6/17
公告修訂「全民健康保險醫院總額支付制度品質確保方案」表一及表三。
6/20
本部召開「大專校院強化社會安全網計畫專業人才培育措施說明會」，由李政務次長麗芬主持，邀請國內各大專校院社會工作系所代表與教育部共同討論社安網專業人才所需知能與培育措施，鼓勵將社安網議題納入高等教育深耕計畫，以利我國專業人才培育往前延伸並促進學用合一。
6/20
公告「全民健康保險代謝症候群防治計畫」。
6/21
修訂「嚴重特殊傳染性肺炎」病例定義，新增民眾使用經本部食品藥物管理署核准通過之家用新型冠狀病毒核酸檢驗試劑檢測陽性，並經醫師確認即為確診。
6/21
發布修正「全民健康保險藥物給付項目及支付標準」附件2至7，並回溯自111年1月1日生效。
6/22
公布訂定「醫療事故預防及爭議處理法」。
6/22
發布修正「醫師法」部分條文。
6/22
發布訂定「私立長期照顧服務機構個人資料檔案安全維護計畫實施辦法」。
6/23
本部疾病管制署自6月23日起將「猴痘」列為第二類法定傳染病，並於6月24日公布我國首例自德國境外移入猴痘確診個案。
6/23
公告修正「包裝食品營養標示應遵行事項」部分規定，並自113年7月1日生效。
6/26
本部食品藥物管理署舉行「用藥安全路藥師來照護」園遊會，活動邀請蔡總統英文及多位貴賓出席，由該署、17縣市衛生局及地方藥師公會設置用藥宣導攤位，以互動模式教導民眾正確用藥觀念，宣導與藥師做朋友。
6/27
發布修正「身心障礙福利機構設置標準」，並自發布日施行。
6/27
本部傳染病防治諮詢會預防接種組(ACIP)就COVID-19疫苗，對幼兒接種莫德納疫苗、兒童接種基礎加強劑及追加劑、成人接種Novavax接種、COVID-19確診者接種，以及CIQS、居檢、機組員及機構與社福照護系統相關工作人員第2次追加劑等做出建議。
6/27
為降低社區式照顧機構群聚感染風險，指揮中心宣布自6月27日起至7月31日止，社區式照顧機構需定期公費快篩，服務對象每週定期快篩2次(2至18歲則每週1次，未滿2歲免篩)；另工作人員每週至少1次，已確診康復者則3個月內免篩檢。
6/28
Journal Citation Report公布本部中醫藥國際學術電子期刊(Journal of Traditional and Complementary Medicine；JTCM)第一次獲Impact Factor為4.221，有助於帶動國內中醫藥學術發展之進步，提升臺灣中醫藥研究國際學術量能。
6/29
本部中央健康保險署「健康存摺」使用人數突破1千萬，全國超過4成民眾使用「健康存摺」進行自我健康管理。
6/29
本部陳部長時中出席國民健康署舉行之肺癌早期偵測計畫開辦記者會，該計畫針對50歲至74歲男性或45歲至74歲女性具肺癌家族史者，及50歲至74歲重度吸菸史者，提供2年1次之低劑量電腦斷層檢查(LDCT)免費肺癌篩檢服務。
6/30
我國與全球疫苗免疫聯盟(GAVI)簽署協議，承諾透過COVAX機制採購476萬劑COVID-19疫苗，並於去(2021)年到貨102萬劑AZ疫苗，預定於今年分批供應226.8萬劑Novavax疫苗，首批50.4萬劑抵臺。
6/3-7/1
本部國民健康署與屏東縣政府衛生局共同舉辦「111年度全國保健會議」，以共同合作邁向更健康的未來-開放、鏈結、平衡為主題，邀請全國各地方政府衛生局所及本部各司署共襄盛舉，本部陳部長時中出席開幕致詞，會中頒發第14屆金所獎，並進行相關成果展示及專題演講，分享健康政策及推動計畫與進行討論。
