藉由這些研究成果，吳永昌於1996年起擔任中醫藥委員會委員，帶領「中藥對照用指標成分物理化學資料彙編」專書的編撰，與高雄醫學大學、國防醫學院、台北醫學大學、中國醫藥大學、成功大學、臺灣大學、國家中醫藥研究所等專業團隊共同努力合作，「中藥對照用指標成分物理化學資料彙編」專書於2002年出版，該彙編針對59種中藥指標成分進行編錄並不斷編修，建立了國內中藥材成分的標準及臺灣中藥製劑品質標準的依據，更為後續「臺灣中藥典」的編撰奠定鞏固的基石。
面對疫情不缺席 帶團隊練兵累積經驗
在全球面臨SARS、H1N1流感與COVID-19疫情時，吳永昌屢次率領團隊研發藥物，成果豐碩造福全球，回顧每次抗疫的經驗，都可看到中藥研發技術隨著全球醫學進步的軌跡。
2003年SARS期間政府所發動「SARS 專案研究計畫」，中藥也納入開發新藥的計畫中，研究團隊從上百種抗病毒藥材的典籍中，檢視其化學成分及萃取物，找尋可應用的藥材；2009年H1N1流感時，團隊發現了阿魏（Ferula）萃取物及其多數活性成分先導化合物，例如克流感藥物（Oseltamivir）即是從中藥八角茴香種子萃取出「莽草酸」而製成抗病毒藥物，此項研究成果刊登於美國頂尖天然物化學期刊，並為美國化學學會網頁之新聞頭條。
COVID-19疫情爆發開發團隊從2,000多種的化合物中，以分子對接技術篩選出先導化合物，再從資料庫中快速找到60多個候選藥物，最後找到6個可用的先導化合物，在研究中發現雷公藤及山藥之純化合物具有強效功效，同時牛樟芝亦具有抑制作用成分。
擴充藥物樣品資料庫 與世界競爭新藥開發
近年吳永昌投入心血主持「台灣藥物樣品資料庫（Taiwan Database of Extracts and Compounds，簡稱TDEC）」，整合中草藥、海洋生物與微生物等天然物「粗萃取物」、「純化合物」及「相關化學合成衍生物」相關資料，提供產官學研各界查詢與應用，針對藥物樣品名稱、化合物結構、物化特性與生物活性等資料提供跨領域媒合交流及合作。
有這個資料庫作後盾，運用現代的基因體學、蛋白質體學、分子生物醫學，配合醫藥化學、對接技術，可以快速媒合出先導化合物並找出候選藥物，將有利於新藥、新試劑、新治療模式及新興醫材等研究開發，有助提升國內學術界與產業界的生技醫藥研究能量，以應對全球生技研究快速發展及激烈競爭的趨勢。
吳永昌認為，從典籍尋找靈感並開發新藥有無限可能，且臺灣的優勢在於擁有獨特的天然物資料庫與訓練紮實的研究人才，再加上近年醫學界對中醫藥相當重視，也有許多中西醫藥合作的嘗試。因此吳永昌認為，將老藥進行轉譯研發將是未來的研究趨勢，臺灣應該加緊腳步，不能停留在基礎研究上，中藥新藥開發的相關法規也應該跟上時代，協助加快新藥臨床實驗。
