邱南昌認為，在家庭探訪、產後護理之家探病或外出就診過程中，任何接觸都可能是病毒傳播的管道。由於病毒可在環境中存活一段時間，玩具、奶瓶、衣物都可能成為間接傳染源，因此防堵新生兒腸病毒的重點，不僅需要醫療院所的處置，更仰賴家庭成員的自我管理，勤洗手、避免不必要的接觸，是阻斷傳染鏈的基本原則。
在醫療應變上，疾管署更新新生兒腸病毒臨床處置建議，針對疑似重症的診斷流程與轉診機制提出具體指引。各大重症責任醫院也同步加強通報與準備，以確保病童能在最短時間內接受治療。針對產後護理之家與托嬰中心，也提供「感染管制查核表」，要求落實訪客管理、手部衛生、環境清潔消毒等措施。
孕婦在產前14天感染腸病毒，可能將病毒傳染給胎兒，建議孕婦產前應避免前往人潮擁擠場所，並加強手部衛生。由於成人症狀常與一般感冒難以區別，因此一旦出現發燒、上呼吸道感染、腹瀉等疑似症狀，應立即就醫並主動告知醫師。若孕婦於產前14天至分娩後，家中其他兒童或同住家人有出現發燒或疑似腸病毒感染症狀，亦應主動告知醫師，並採取適當隔離與個人防護措施，以降低感染風險。
新生兒剛出生時免疫力最弱。邱南昌提醒，家人與親友應避免探訪，尤其是兄姊若有感冒、發燒或口腔潰瘍症狀，更應暫緩接觸，如果新生兒出院後是在產後護理之家、月子中心或托嬰中心，機構則須建立嚴謹的訪客與環境管理規範，並要求所有照護人員落實感染管制。
部分新生兒出生後可能是帶回由家人照顧、或是家長會請「月嫂」來家中協助照顧新生兒。邱南昌強調，在家庭照護中，父母與主要照護者需做到勤洗手，特別是在更換尿布、餵奶前後。環境物品如奶瓶、玩具要定期清潔消毒，衣物與床單也應保持清潔。
