在傳染病防治方面,推動成立防疫技術轉殖中心,與越南合作辦理「新南向結核病防治交流合作計畫」,協助其建立多重抗藥性結核病(Multi-Drug Resistant Tuberculosis, MDR-TB)接觸者調查模組、撰寫臨床治療照護指引、製作實驗室生物安全教育訓練影片,及協助其進行ISO 15189實驗室視訊評鑑及取得認證,並與印尼合作辦理「新南向登革熱防治交流合作計畫」,辦理深耕示範社區衛教宣導、社區動員之種子教師培訓計畫及病媒蚊密度監測與分析。此外,成立新南向人員健康服務中心,針對我國及新南向國家雙方往返人員,提供傳染病防治衛教、諮詢及健康醫療轉銜等服務,並提供多國語言線上專人翻譯服務。
COVID-19疫情爆發後,我國不但積極協助提供防疫物資給新南向國家,更透過視訊會議等方式交流防疫經驗,同時,國家中醫藥研究所研發之抗新冠肺炎中藥複方「臺灣清冠一號」,透過論文發表、技轉、視訊、媒體等途徑,介紹予印度、馬來西亞、泰國、菲律賓等新南向國家,這些作為不僅符合醫衛新南向政策之精神及目的,更奠定往後醫衛新南向政策之良好基礎。