9/4
發布修正「藥害救濟給付計算裁量表」，並自即日生效。
9/5
本部舉辦「年輕的心，有我傾聽」年輕族群心理健康支持方案加碼補助發布記者會，擴大補助年輕族群心理諮商服務至22,000餘人，由李政務次長麗芬親臨指導並邀請多家醫院及公會共同出席。
9/6
本部薛部長瑞元率疾病管制署莊署長人祥、羅副署長一鈞共同拜會環境部，跨部研商合作防治登革熱，整合資源攜手抗疫。
9/8
公告修訂112年度全民健康保險中醫門診醫療給付費用總額一般服務地區預算分配計畫。
9/8
因應原住民族健康法公布施行，本部籌組「原住民族健康政策會」，並召開第1次原住民族健康政策會，會中討論政策會任務推動順序及提供相關建議。
9/12
公告修正「管制藥品分級及品項」部分分級及品項。
9/15
本部舉辦「第一屆全國績優社政人員頒獎典禮」；共選出50位績優社政人員接受表揚，包括10位「資深敬業服務獎」和40位「服務績優獎」得獎者。行政院鄭副院長文燦特別親臨致詞及頒獎，感謝及肯定社政人員在全國各個角落之付出與堅守崗位，接住每一個有需要協助的民眾及家庭，成為照亮社會幽微最不可或缺的亮光。
9/16、19
行政院陳院長建仁及本部王政務次長必勝分別於9月16、19日南下臺南市視察登革熱防治工作，呼籲民眾於日常生活中持續落實「巡、倒、清、刷」孳生源清除工作。
9/22
美國華盛頓州副州長兼參議長赫克(Hon.Denny Heck)率領該州及奧勒岡州跨黨派議員12人訪臺並拜會本部，由本部國際合作組施技監金水代表接見，雙方針對健保、長照體系及服務資源、心理健康支持方案等議題交換意見，討論熱烈。
9/22、27
本部疾病管制署於9月22日成立「登革熱前進應變工作隊」協助臺南市控制疫情，羅副署長一鈞亦每日前往熱區稽查，中央與地方聯手全力防治登革熱。莊署長人祥於9月27日6度南下視察臺南市前進應變工作隊「屋後天溝診斷計畫」執行情形，並拜會黃市長偉哲，研商登革熱疫情防治策略與提供相關建議。
9/27
新加坡駐台北商務辦事處張智恩主任拜會本部，由本部國際合作組施技監金水代表接見。主要就雙方簽署台星醫衛合作備忘錄相關事宜交換意見。
9/28
新任印度台北協會葉達夫會長拜會本部，由薛部長瑞元接見，雙方就原料藥供應鏈及傳統醫藥之合作議題熱絡交流。
